Ma ormai il dominio della potente e ricchissima abbazia francese sulla valle stava per terminare, sia per la lontananza geografica, sia perché gli inviati del monastero erano divenuti e delegati essi stessi "camuni" a tutti gli effetti, sia perché i rapporti tra i vari monasteri satelliti sorti nelle terre date in feudo e la casa madre si erano, poco per volta, resi aleatori e poi completamente spezzati. Dunque il controllo diretto dalla lontana terra di Francia, era andato progressivamente diluendosi e poi estinguendosi e questo stato di fatto tornava logicamente a tutto vantaggio del Vescovo di Brescia, massima autorità politico-religiosa, che raccolse totalmente l'importante eredità dell'infeudamento carolingio, divenendo, con questo, l'arbitro delle accese contese e il dispensatore, fra le più ricche famiglie bresciane, delle investiture nei numerosi feudi camuni. In questa lotta prevalse, per un certo tempo, l'antica e potente famiglia bresciana dei Martinengo che ottenne, dallo stesso vescovo, vasti possedimenti in valle. Non essendoci comunque una forte struttura centrale a cui fare riferimento diretto, la situazione politica rimase piuttosto fluida e ingarbugliata per secoli, sempre aperta a nuovi contrasti, a faide, a rivendicazioni, a vendette, a soprusi e a sopraffazioni che, a volte, degeneravano in vera e propria guerra aperta.
Innumerevoli furono gli episodi, che potrebbero essere raccontati e che numerosi autori di storia locale hanno riportato. Si trattava di continui scontri, anche sanguinosi, tra le più antiche e ricche famiglie camuno-sebine, che si appoggiavano di volta in volta, a seconda delle proprie necessità e interessi, a qualche potente (imperatore, papa, duca, vescovo o principe) facendolo intervenire anche direttamente. Oltre agli innumerevoli "scontri" a Borno (con gli Scalvini), a Erbanno, Esine, Breno, Edolo, Cemmo, Paspardo, Mù, Vezza, Malonno, Bienno, Lozio, Angolo, ecc., forse la vicenda più significativa è quella che si riferisce alla lunghissima e cruenta questione per il possesso del feudo di Volpino posto a cavallo della riva nord del lago d'Iseo e all'imbocco della Valle Camonica. Da semplice questione ereditaria tra famiglie (imparentate tra loro) divenne una lunga e sanguinosa guerra tra potenti città e grandi feudi con l'intervento addirittura dell'impero e del papato, di eserciti e flottiglie lacustri, di cavalieri e santi. Le terre di Volpino avevano anche una particolare importanza strategica e militare, che andava ben oltre il puro possesso territoriale. La sua collocazione geografica e dunque la possibilità di controllare con le sue rocche e ponti i commerci e gli scambi la facevano di fatto la porta di accesso da sud all'intera Valle Camonica e alle sue importanti vie di transito per la Val Tellina e il centro Europa . La storia della "questione" di Volpino era nata a seguito delle continue discordie tra l'antichissima famiglia di Giovanni Brusati, feudatario di Volpino, Qualino e Ceratello, politicamente e tradizionalmente appoggiata e legata a Brescia e al suo vescovo principe e la confinante (e consanguinea: erano cugini !) famiglia di Gislinzone Mozzi, spalleggiata e protetta dal comune di Bergamo e dalle famose famiglie bergamasche dei Colleoni e dei Ficeni. Nel 1126 Giovanni Brusati decise di vendere la sue terre poiché, per rispettare un giuramento, voleva recarsi alla crociata in Palestina, offrendole per antico diritto di prelazione al vescovo di Brescia, che però, in notevoli ristrettezze economiche si vide costretto a rifiutare l'offerta. Allora il Brusati, in necessità di denaro, si rivolse al Comune di Bergamo che, in breve tempo, concluse l'affare. Questa vendita, che allargava di molto il potere territoriale e l'influenza politico commerciale dei bergamaschi verso la Valle Camonica e dunque verso le terre bresciane del Sebino, fu subito contestata dal vescovo di Brescia che si sentì obbligato a intervenire direttamente con le armi in nome del "diritto antico e della rappresaglia". A sua volta Bergamo inviò truppe sul posto e gli scontri, inevitabili, furono violenti e sanguinosi ma non portarono esito alcuno o vantaggio di parte e proseguirono, con alterne vicende, per quasi 30 anni, fino al 1154. Fu in quell'anno che la contesa sembrò risolta, almeno ufficialmente e sulla carta, da un editto dell'imperatore Federico Barbarossa che, sentite le parti in causa, emise una sentenza favorevole alla curia di Brescia. Rientrato il Barbarossa in Germania, per sedare una delle tante rivolte della sua irrequieta nobiltà teutonica, nell'anno seguente, i bergamaschi, confutando l'ordinanza imperiale, ripresero le ostilità con piccoli scontri e scaramucce finchè, nel 1156, i due schieramenti opposti si scontrarono in campo aperto in una battaglia che si svolse nei pressi dei castelli di Pontoglio e di Palosco.

Malgrado fossero state le truppe bergamasche ad attaccare per prime, sentendosi superiori per numero, la vittoria alla fine fu delle truppe vescovili Bresciane che sbaragliarono quelle comunali di Bergamo: da questi venne chiesta una tregua e si giunse così alla stipula di un accordo di sospensione delle ostilità e alla successiva pace di Palazzolo. Sconfitti sul campo e pesantemente penalizzati dalle clausole di cessioni territoriali nelle trattative, i Bergamaschi mutata anche la situazione politica generale in tutto il nord Italia e cambiate le alleanze con l'impero germanico, pensarono, loro volta, di rivolgersi direttamente al Barbarossa, mantenendo contemporaneamente in armi il proprio esercito, malgrado il trattato di pace, che avevano dovuto sottoscrivere dopo la sconfitta, lo vietasse esplicitamente. Questa volta l'imperatore, per sua opportunità politica, accettò di sostenere i diritti di Bergamo che vennero imposti e resi effettivi ed operativi (sulla carta) nel 1158 alla seconda Dieta di Roncaglia. I bresciani intanto, ben informati delle trattative tra gli ambasciatori di Bergamo e l'imperatore, certi che lo stesso Barbarossa avesse già maturato l'idea di modificare la sua precedente sentenza, si erano rivolti all'altra somma autorità (anche temporale) di allora: papa Adriano IV che, per contrapposizione alla crescente invadenza politica del monarca tedesco sul suolo italiano, divenne uno strenuo sostenitore dei diritti dei bresciani. Ben sapendo che in gioco, tra papato e impero, vi erano interessi ben maggiori delle semplici diatribe sulle terre di Volpino e che le dispute e i cavilli legali discussi nei tribunali dell'impero non avrebbero dato alcun esito favorevole alle loro rivendicazioni, i Bresciani pensarono di agire in proprio e fortificarono le difese e le mura del castello di Volpino. Fu una operazione certamente opportuna, ma che risultò completamente inutile, poiché i Bergamaschi, con un ardito colpo di mano conquistarono la rocca nel 1162, alleandosi anche di fatto sul campo di battaglia alle truppe del Barbarossa che era impegnato nella cruenta lotta contro Milano (e altre città lombarde) e che voleva avere le spalle ben sicure e protette. Essendo Brescia (nemica storica di Bergamo) alleata di Milano, il Barbarossa cercò di colpirla direttamente nel suo territorio. Le truppe germaniche e quelle bergamasche piombarono sulla piazza di Iseo, la conquistarono e la saccheggiarono. Il colpo fu duro e pesante per Brescia poiché Iseo era, in quel momento politico, il più importante centro commerciale ed era il principale nodo di transito e scambio tra le zone di influenza bergamasca e bresciana. Le operazioni militari dell'esercito imperiale non si fermarono sul basso Sebino e, consigliato dagli stessi bergamaschi il Barbarossa li favorì ulteriormente nelle loro rivendicazioni territoriali sulla sponda nord del lago d'Iseo. Dalle terre di Volpino l'imperatore risalì la Valle Camonica e pose in stato di assedio e distrusse il famoso castello di Pedena che sorgeva presso Cemmo. La roccaforte apparteneva ed era difesa da un nutrito gruppo di sostenitori guelfi fedeli a Brescia. Di questa potente rocca (e di molti alti castellieri di cui era disseminata tutta la valle) da allora se ne sono perse quasi completamente le tracce. Raso al suolo il castello, trucidati i suoi occupanti, il Barbarossa, con questo sanguinoso gesto di forza, nel cuore della terra bresciana, intese dare un chiaro, forte e inequivocabile esempio del suo potere anche in valle. Federico Barbarossa emise quindi una "imperiale" cioè una ordinanza che aveva effetto immediato in cui imponeva sudditanza totale alle terre comprese tra Lovere e Gorzone a Federico Brusati-Mozzi, nobile di origine bergamasca, da cui deriverebbero poi i vari rami della casata dei Federici di Valle Camonica. I Camuni (tutto sommato già tendenzialmente filo imperiali per l'atavica avversione a Brescia) passarono sotto il diretto controllo imperiale e per questo vassallaggio ottennero, nel 1164, un diploma nel quale il Barbarossa offriva la sua diretta "alta protezione" alla Valle Camonica, creando cosi la "Comunità Camuna". Con questo editto la Valle veniva affrancata da ogni forma di assoggettamento civile ed ecclesiastico dovuto alle curie di Brescia o di Bergamo, venivano concesse alcune libertà, come quella di eleggere i propri consoli, purchè questi rimanessero fedeli, con solenne giuramento, all'imperatore e solo a lui, o a un suo legato che avesse ricevuto la sua diretta investitura. Ma la "protezione" e i "favori" del Barbarossa durarono poco: nella nuova situazione politica che era maturata in seguito alla formazione della Lega Lombarda, la Valle Camonica, visto che le promesse imperiali non si erano concretizzate, si schierò sulle posizioni dei Comuni e contro l'impero. La famosissima vittoria di Legnano nel 1176 portò alle trattative di pace che vennero discusse a Costanza nel 1183: nei vari "capitolati" furono salvaguardate le libertà comunali contro la prepotenza imperiale, con espresso riferimento anche a quelle della Valle Camonica. Chiusa con la pace di Costanza la lotta dei Comuni lombardi contro il Barbarossa, si riaccesero immediatamente le liti, le rivalità, gli scontri e le beghe tra Bergamo e Brescia per il possesso di Sarnico e Caleppio (sulla sponda sud ovest del basso Sebino), nonchè delle solite terre di Volpino, sulla sponda nord. Vi furono ancora alcuni scontri e varie scaramucce, con morti e distruzioni, fino alla battaglia di Rudiano che fu combattuta sabato 7 luglio 1191. Ancora una volta la vittoria fu delle armi Bresciane che, questa volta, ebbero anche l'importante appoggio di molti armati provenienti dalla Valle Camonica. Rudiano era un località nei pressi di Cividate al Piano e per attraversare l'Oglio fu gettato, dalle truppe bergamasche aiutate da quelle cremonesi, un ponte su cui le schiere avrebbero dovuto passare per cogliere di sorpresa i bresciani. Così non fu e le truppe di Brescia avvisate delle manovre dei nemici sconfissero gli avversari che, fuggendo disordinatamente, si ammassarono sul piccolo ponte che cedette: e nelle profonde acque dell'Oglio precipitarono molti uomuni armati con le pesanti corazze, cavalli e carriaggi.
Fu una strage a cui assistette e partecipò direttamente anche Obizio da Niardo che si trovava sul ponte al momento del crollo mentre inseguiva gli sconfitti. Obizio rimase intrappolato tra le travi semi sommerse dall'acqua e per lungo tempo chiamò aiuto senza che nessuno lo sentisse. Alla fine, stremato si assopì e intriso della mistica religione del tempo sognò di scendere all'inferno e di vedere cose orrende. Tratto in salvo da alcuni amici, Obizio frastornato dalla vicenda, tornò a casa e chiese alla moglie, la contessa Triglissenda e ai suoi quattro figli, di liberarlo da ogni vincolo familiare e donata ai poveri gran parte delle sue rilevanti sostanze, lasciata al comune di Breno una ingente somma per la costruzione di un solido ponte sull'Oglio (il famoso ponte Minerva a sud di Breno che tanta importanza, anche politica, ebbe in seguito nelle vicende camune) si ritirò nel monastero di Santa Giulia a Brescia. Ma anche la vittoria di Rudiano non bastò a risolvere, una volta per tutte, l'annosa questione.

L'anno seguente un editto di Enrico VI, che era succeduto al Barbarossa, morto in oriente, definì i confini del territorio bresciano assegnando definitivamente Volpino a Brescia mentre Sarnico e Caleppio furono posti sotto Bergamo. La Valle Camonica venne posta sotto "l'alto patronato" di Brescia, dalla quale mantenne però una certa autonomia amministrativa e indipendenza fiscale.
Questa situazione politica e territoriale favorì il gioco dei feudatari locali che, divisi in guelfi (filo-bresciani) e ghibellini (indipendentisti e legati politicamente e con vassallaggio all'impero), cominciarono a battersi aspramente per il predominio in valle, cercando di guadagnare alla loro causa il favore popolare con alcune concessioni, come attestano gli accordi di Pisogne nel 1195 e di Montecchio nel 1200. Le due fazioni divisero le grandi famiglie dalla valle in due netti schieramenti che in modo sanguinoso si scontrarono direttamente in varie occasioni.
Tra i Guelfi, molto radicati nella media Valle Camonica, erano annoverate le più antiche famiglie nobiliari camune di origine bresciana: i Nobili di Lozio, i Lupi e Camozzi di Borno, i Beccagutti di Esine, gli Antonelli di Cimbergo, i Magnoni a Malonno, i Ronchi e gli Alberzoni di Breno, i Palazzo e i Sala di Cividate, i Griffi a Losine, i Pellegrini e i Bottelli a Grevo mentre i Ghibellini erano rappresentati specialmente dai vari rami in cui si era divisa la prolifica e potente famiglia dei Federici che avevano, in poco tempo, "piazzato" propri appartenenti nei principali paesi e castelli della bassa e alta Valle Camonica: a Montecchio, Erbanno, Gorzone, Artogne, Volpino, Vezza e Mù.
La più attiva in questo scontro politico fu proprio la fazione ghibellina, che guidata da alcuni dei più imporatnti dei Federici, ben presto riuscì ad ottenere una prevalente posizione di potere, contrastando l'azione politica del Vescovo bresciano che invece tendeva a consolidare i numerosi privilegi ecclesiastici in Valle. La situazione generale di particolare instabilità, di rifiuto di assoggettarsi ai delegati curiali, fece si che la stessa Curia di Brescia dovette intervenire direttamente assicurando la sua presenza in valle con la forza non del crocefisso ma delle armi (cosa che molte volte, senza nessun scandalo, si sovrapponeva). A Montecchio, uno dei centri allora più ricchi dell'intera Valle Camonica, tanto che erano presenti ben 6 chiese e molte abitazioni avevano il tetto ricoperto da tegole o coppi o lastre di pietra invece che (come allora era uso ovunque) con paglia. Montecchio era strategicamente importante anche per il ponte che attraversava l'Oglio e per il castello sul Monticolo: qui fu sanguinosamente domata una rivolta di nobili camuni. Dal 1248 il vescovo, non fidandosi a delegare in loco le principali cariche civili e militari (oltre a quelle religiose) nominò direttamente un suo rappresentante a reggere, in qualità e con la nomina di Sindaco, quel comune molto importante poiché, comprendendo Darfo, Corna e Gianico, costituiva la porta d'accesso all'intera Valle Camonica e alla confinante e collegata Val di Scalve. Le imposizioni, le tasse, i balzelli, le prebende e le pretese di Brescia sulla Valle Camonica segnarono però l'inizio di una lunga serie di aperte lamentele che ben presto si trasformarono in forte ostilità e in una serie di cruente ribellioni che portarono ad altri lutti e vendette.
Il culmine della lotta armata fu nel 1288 quando i Ghibellini camuni, guidati da numerosi rappresentanti e famigli delle due casate più importanti della valle: i Federici e i Celèri, fecero strage dei guelfi di Pisogne, inseguendo i superstiti fino al castello degli Oldofredi di Iseo, aperti sostenitori del vescovo di Brescia e degli interessi di quella curia. Brescia rispose immediatamente alla disfatta mettendo al bando gli aggressori. Questi però, al sicuro nelle loro case fortificate, nei loro castelli e appoggiati dalla popolazione locale nonché facilitati, nella difesa delle loro postazioni, dall'asprezza naturale della valle, continuarono indisturbati le loro rappresaglie, dimostrando come il Comune e la Curia bresciani fossero impotenti a domare la rivolta con la sola forza delle proprie armi e delle scomuniche. La lotta durò ancora una volta a lungo con vari scontri armati che nulla risolsero e allora si dovette ricorrere ad un arbitraggio, ma, diffidando, entrambe le parti, sia dei delegati imperiali sia dei nunzi indicati dal papato venne, di comune accordo, accettato come giudice il signore di Milano Matteo I Visconti che, nel 1291, compose salomonicamente la vertenza accogliendo in parte le richieste dei Federici e dei loro alleati nominando un podestà per la Valle Camonica.

Saldamente attestato in alcune terre e castelli a lui fedeli, il Malatesta, spalleggiato direttamente da Venezia, che aveva allargato la sua espansione territoriale e di influenza politica verso ovest raggiungendo le coste del lago di Garda, sembrò in un primo tempo avere la meglio sulle schiere milanesi. La lotta, sempre molto accesa e violenta, rimase incerta fino al 1419 quando, per diretto intervento delle truppe ducali di Milano, allora guidate dal Carmagnola, la Valle Camonica ritornò nell'orbita del potere dei Visconti. Ma il rafforzato potere visconteo in valle fu di breve durata. Venezia, nelle sue campagne di conquista sulla terraferma, entrò in possesso anche delle terre bresciane. Nel 1426 infatti conquistò Brescia e, nel 1427, inviò truppe in valle al comando di Giacomo Barbarigo che acquisì a Venezia la maggior parte del territorio camuno assumendo anche la carica di Capitano di Valle Camonica.